Цитробактер браакии

Цитробактер браакии

  • Find this author on Google Scholar
  • Find this author on PubMed
  • Search for this author on this site
  • Find this author on Google Scholar
  • Find this author on PubMed
  • Search for this author on this site

ABSTRACT

Citrobacter braakii and Citrobacter freundii are Gram-negative opportunistic pathogens associated with many infectious diseases, including septicemia, in humans and animals. Here, we report the draft genome sequences of seven C. braakii strains and one C. freundii strain isolated from Canadian wastewater treatment facilities.

ANNOUNCEMENT

Citrobacter braakii and Citrobacter freundii , two of the 15 species in the genus Citrobacter , are Gram-negative coliform bacteria in the Enterobacteriaceae family (http://www.bacterio.net/citrobacter.html). They can be found in soil, water, sewage, and the intestinal tracts of animals and humans. They are opportunistic pathogens, causing infections of the urinary, gastrointestinal, and pulmonary systems, as well as blood infections, often nosocomial in nature; they are a major cause of neonatal meningitis (1, 2). Citrobacter freundii generally exhibits high antimicrobial resistance to penicillin and third-generation cephalosporins (3), which harbor a β-lactam ring.

This article reports the draft genome sequences of seven C. braakii strains and one C. freundii strain isolated from pre- or posttreated samples collected at three Canadian wastewater treatment facilities. Strains HH1, HH5, HH6, HH8, HH10, and HH11 were isolated using a Compendium of analytical methods of Health Canada method (MFHPB-19) (4) for the isolation of Escherichia coli . Strains HH7 and HH9 were isolated using a Compendium of analytical methods of Health Canada method (MFLP-75) (5) for the isolation of Salmonella species. All isolates were confirmed to be Citrobacter at the genus level by a combination of the API 20E biochemical test (bioMérieux, Canada, Inc.), Biolog (carbohydrate analysis), and Sherlock (fatty acid analysis) (Midi, Inc., Newark, DE, USA) microbial identification systems (Table 1). The isolates were further identified as C. braakii or C. freundii by the API 20E test. Species identifications were confirmed by comparing the draft genome sequences reported here (Table 1) with the reference genome of each species.

Sequencing and assembly metrics for the strains used in this study

Isolates were kept at −80°C in tryptic soy broth with 25% glycerol before sequencing. Genomic DNA was extracted from overnight cultures grown at 37°C on tryptic soy agar using the DNeasy blood and tissue DNA purification kit (catalog number 69504; Qiagen, Inc., Toronto, Ontario, Canada) and quantified using a Qubit 3.0 fluorometer (Life Technologies). Sequencing libraries were constructed using Nextera XT DNA sample preparation kits (Illumina, Inc., San Diego, CA), and the quality of libraries was analyzed using a Bioanalyzer instrument (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA). Libraries were sequenced with a MiSeq platform (Illumina, Inc.) using 300-bp v3 reagent kits.

Sequencing adapter sequences and low-quality bases were trimmed (BBduk), and overlapping pairs were merged (BBMerge) using the BBTools v37.68 software suite (https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/). The remaining reads were then assembled de novo with Unicycler v0.4.4 (6) running SPAdes v3.11.1 (7) and then polished with Pilon v1.22 (8). Other programs used by Unicycler were BLAST v2.7.1+ (9), Bowtie 2 v2.3.4 (10), and SAMtools v1.6 (11). The parameters used for each step of the assembly pipeline are detailed at https://github.com/duceppemo/bacteria_genome_assembly. Gene predictions and annotations were performed using the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (12). Sequencing and assembly metrics are summarized in Table 1. Antimicrobial resistance genes were detected using ResFinder v3.1.0 (13), with default parameters.

Читайте также:  Чем питаться после перитонита

The median total length, protein count (number of coding sequences [CDS]), and GC content of the C. braakii genome assemblies in the NCBI are 5.1 Mb, 4,822, and 52.1%, respectively. Similarly, the median values of the seven C. braakii strains presented here are 5.1 Mb, 4,672, and 52.0%, respectively. The median total length, protein count (number of CDS), and GC content of the C. freundii genome assemblies on NCBI are 5.3 Mb, 4,991, and 51.7%, respectively, which are similar to those (5.499 Mb, 5,396, and 51.7%, respectively) of the C. freundii strain analyzed in this study (Table 1). All isolates were predicted to be resistant to β-lactam antibiotics.

Data availability. This whole-genome shotgun project has been deposited at DDBJ/ENA/GenBank under the accession numbers PQWA00000000, SJSJ00000000, SJSI00000000, SJSH00000000, SJSG00000000, SJSF00000000, SJSE00000000, and SJSD00000000 for strains HH1, HH5, HH6, HH7, HH8, HH9, HH10, and HH11, respectively. The versions described in this paper are versions PQWA01000000, SJSJ01000000, SJSI01000000, SJSH01000000, SJSG01000000, SJSF01000000, SJSE01000000, and SJSD01000000, respectively. The Illumina raw sequencing reads are available in the NCBI Sequence Read Archive through the accession numbers found in Table 1.

ACKNOWLEDGMENTS

This work was funded by the Canadian Food Inspection Agency.

We thank Stephan Brière at the Ottawa Laboratory – Fallowfield, Canadian Food Inspection Agency, for conducting tests using the Biolog and Sherlock microbial identification systems.

FOOTNOTES

    • Received 8 March 2019.
    • Accepted 4 June 2019.
    • Published 3 July 2019.
  • © Crown copyright 2019.

This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 International license.

Type strain:

Species: Citrobacter braakii

Strain Designation: 167

Culture col. no.: DSM 17596, ATCC 51113, CCUG 30792, CDC 80-58, CIP 104554

« Browse strain by BacDive ID »

expand / minimize all

Exclude text mining derived information
Section
Name and taxonomic classification
Morphology and physiology
Culture and growth conditions
Isolation, sampling and environmental information
Application and interaction
Molecular biology
Strain availability
  • Information on the name and the taxonomic classification. Name and taxonomic classification
  • Information on morphological and physiological properties Morphology and physiology
  • Information on culture and growth conditions Culture and growth conditions
  • Information on isolation source, the sampling and environmental conditions Isolation, sampling and environmental information
[Ref.: #7079] Sample type/isolated from snake
[Ref.: #7079] Country France
[Ref.: #7079] Country ISO 3 Code FRA
[Ref.: #7079] Continent Europe
[Ref.: #50272] Sample type/isolated from Snake
Isolation sources categories
#Host #Reptilia
  • Information on possible application of the strain and its possible interaction with e.g. potential hosts Application and interaction
  • Information on genomic background e.g. entries in nucleic sequence databass Molecular biology
Sequence information: Only first 5 entries are displayed. Click here to see all. Click here to see only first 5 entries.
Sequence database Sequence accession description Sequence accession number Sequence type Sequence length (bp) Associated NCBI tax ID
[Ref.: #20218] Marker Gene (DDBJ Direct submission) Citrobacter braakii DNA, psp gene cluster, sap gene cluster, partial sequence, strain: ATCC 51113 AB734053
  • Availability in culture collections Strain availability
[Ref.: #7079] Culture collection no. DSM 17596, ATCC 51113, CCUG 30792, CDC 80-58, CIP 104554
[Ref.: #7079] Strain history Dive ? Please tell us about it!

Note that changes will be reviewed and judged. If your changes are legitimate, changes will occur within the next Bac Dive update. Only proposed changes supported by the according reference will be reviewed. The Bac Dive team reserves the right to reject proposed changes.

Цитробактер (в бланках результатов лабораторного исследования кала обозначается как C. amalonaticus, C. freundii, C. koseri) – относится к группе условно-патогенных бактерий, которые населяют кишечник и каловые массы человека. При адекватном функционировании иммунной системы не опасен для здоровья и жизни. О заболевании, вызываемом цитробактером, можно говорить только в ситуации, когда снижен иммунитет, а количество нормальных представителей кишечной микрофлоры существенно ниже нормы.

Разновидности микроорганизма

В организме здорового человека могут быть обнаружены несколько видов цитробактера. Например:

  • Citrobacter koseri (цитробактер козери);
  • Citrobacter freundii (цитробактер фреунди);
  • Citrobacter diverticus (цитробактер диверсус);
  • Citrobacter brakiii (цитробактер браакии);
  • Citrobacter amalonaticus (цитробактер амалонатикус).

Все они являются представителями семейства энтеробактерий. Различия заключаются только в микробиологических характеристиках (биохимические свойства).

Практической значимости в описании различных типов цитробактера нет.

Любой вид цитробактера обнаруживается в кишечнике здорового человека, что не является признаком патологии и основанием для постановки диагноза. Реже эта бактерия высевается из мочеполовых путей.

Различные виды цитробактера широко распространены в окружающей среде. Обнаруживаются в воде, почве, на предметах домашнего обихода. Встречаются во всех климатических зонах.

Чем опасен возбудитель?

В здоровом человеческом организме существует несколько десятков представителей так называемой условно-патогенной флоры. Эти микроорганизмы способствуют поддержанию баланса в органах, так как занимают определенную площадь и не оставляют свободного места для колонизации патогенным микробам. Как только их количество значительно уменьшается, возникает риск проникновения и размножения возбудителей инфекционных болезней. Именно поэтому нецелесообразно и даже небезопасно уничтожать условно-патогенную микрофлору.

Цитробактер может стать опасной для человека бактерией, только в условиях иммунодефицита. Снижение функциональных возможностей иммунной системы может быть врожденным (генетический дефект) или приобретенным. В этом случае цитробактер начинает активно размножаться, выделять в кровь токсические продукты жизнедеятельности, заселять не только поверхность слизистой кишечника, но и другие полости.

Оппортунистическая инфекция, вызванная цитробактером, может проявляться в таких клинических формах:

  • менингит и менингоэнцефалит;
  • воспаление дыхательных путей;
  • поражение мочеполового тракта;
  • общее заражение крови (сепсис).

Особенную опасность тяжелая оппортунистическая инфекция, вызванная цитробактером, представляет для детей первых 3-х лет жизни. При отсутствии адекватной терапии и позднем обращении за медицинской помощью такой процесс может закончится смертью ребенка.

Пути передачи и рост бактерии

О путях передачи цитробактера говорить не совсем правильно, так как этот микроорганизм постоянно находится внутри кишечника и проникновение нового пула не приводит к развитию заболевания. Заселение кишечника разнообразными микроорганизмами начинается в первые часы жизни. Это происходит при общении с окружающими людьми, использовании предметов обихода (посуда, игрушки, средства гигиены), а также в процессе грудного вскармливания.

Наибольшую опасность представляет так называемый искусственный (он же артифициальный) путь передачи. Для организма в состоянии иммунодефицита цитробактер становится внутрибольничной инфекцией. Его источником является медицинский персонал. Передача осуществляется при таких ситуациях:

  • непосредственный контакт с медицинским персоналом;
  • использование медицинского инструментария многоразового использования;
  • выполнение различных медицинских манипуляций (инъекции, интубация и прочее).

Для человека с сохранной иммунной системой нет смысла опасаться попадания цитробактера в организм, избежать инфицирования практически невозможно. Росту и размножению бактерий способствует именно состояние иммунодефицита. Не существует каких-либо специальных ограничений для ограничения размножения этой бактерии.

Нормы содержания в кале

Цитробактер в испражнениях человека может обнаруживаться или не обнаруживаться.

  • Отрицательный ответ – цитробактер не выявлен – означает, что этой бактерии в организме человека нет. В некоторых случаях такой ответ является результатом недостаточно тщательной работы лабораторного сотрудника, который проводил обследование.
  • Положительный ответ – цитробактер обнаружен в кале человека – обычно указывается не только факт выявления, но и количество клеток. Этот показатель имеет диагностическую ценность в сочетании с клиникой.

Лечение

Лечение человеку, у которого выявлен цитробактер, назначается только в том случае, если есть жалобы и симптомы поражения ЖКТ. Если человек отмечает кишечную дисфункцию, может быть, это и есть возможная причина нарушений. Если какого-либо дискомфорта со стороны пищеварительного канала нет, то обнаружение цитробактера диагностической ценности не имеет и основанием для назначения терапии не является.

Специфическая терапия в настоящее время не разработана. В комплексе лечебных мероприятий применяются:

  • антибиотики с преимущественным воздействием на грамотрицательную микробную флору (метронидазол, тетрациклины);
  • пробиотики и пребиотики;
  • витаминные комплексы;
  • панкреатические ферменты для улучшения процессов переваривания.

Решение о назначении терапии принимает доктор по результатам осмотра и комплексного обследования.

Прогноз

Благоприятный, если речь идет о кишечной дисфункции. Оппортунистическая инфекция, вызванная цитробактером, может привести к смерти больного, если он поздно обратился за медицинской помощью.

Профилактика

Целесообразно говорить не о профилактике цитробактерной инфекции, а о том, что необходимо делать для сохранения баланса нормальной микрофлоры кишечника. Большинству людей следует:

  • уменьшить количество полуфабрикатов, консервантов, усилителей вкуса и прочего;
  • соблюдать водный баланс;
  • регулярно употреблять сезонные овощи и фрукты, а также молочные продукты.

Цитробактер – это, как правило, случайная находка при проведении комплексного обследования человека. Не представляет серьезной опасности и очень редко требует лекарственного вмешательства.

Ссылка на основную публикацию
Цитомегаловирус igg больше 500
Последнее обновление - 29 января 2018 в 00:13 Время на чтение: 6 мин Цитомегаловирусная инфекция, цитомегалия – распространённое, часто врожденное...
Ципролет форма выпуска
Состав Каждая таблетка, покрытая пленочной оболочкой, содержит 250 или 500 мг ципрофлоксацина (в виде ципрофлоксацина гидрохлорида), а также вспомогательные вещества:...
Ципромед глазные капли цена красноярск
Ципромед Инструкция по применению Цена на Ципромед от 119.00 руб. в Красноярске Купить Ципромед в Красноярске можно в интернет-магазине Apteka.ru...
Цитомегаловирус норма в крови у ребенка
Последнее обновление - 29 января 2018 в 00:13 Время на чтение: 6 мин Цитомегаловирусная инфекция, цитомегалия – распространённое, часто врожденное...
Adblock detector